一般来说，选择湿地植物要注意几个原则：①净化能力，耐污能力和抗寒、抗热能力强，对不同的污染物采用相应的植物种类;②选择在本地适应性好的植物，最好是本地植物；③根系发达、生物量大；④抗病虫害能力强；⑤最好有广泛用途或经济价值；⑥易管理，综合利用价值高。

不同的植物类型对不同的污染物具有一定的针对性，我们通常选用美人蕉、再力花、菖蒲、花叶芦竹、芦苇等停水植物及睡莲等沉水植物。

基质，又称填料，是人为设计的由不同大小的砾、砂、土壤粒等按一定厚度铺成的供植物生长、微生物附着的床体。基质是污水处理的主要场所，也是微生物的主要载体，同时又可以为水生植物提供支持载体和生长所需的营养物质，当这些营养物质通过污水流经人工湿地时，基质通过一些物质、化学途径（如吸附、吸收、过滤、沉淀、络合反应和离子交换等）来去除污水中的SS、N、P等营养物质。

自由表面流系统多以土壤为基质，潜流与垂直流系统则根据不同的特征污染物选择不同的基质，并须考虑便宜、易于取材等因素。